Tujuan penelitian untuk menganalisis kesenjangan realisasi anggaran dan dampaknya pada kinerja pemerintah pada Direktorat Jenderal Bina Gizi dan Kesehatan Ibu dan Anak Kementerian Kesehatan RI. Sebagai populasi dan sampel yaitu enam direktorat di Direktorat Jenderal Bina Gizi dan Kesehatan Ibu dan Anak Kementerian Kesehatan RI selama periode penelitian tahun 2012-2014. Metode analisis data menggunakan analisis regresi linier berganda. Hasil uji hipotesis dapat disimpulkan bahwa kesenjangan realisasi anggaran belanja pegawai, belanja barang dan belanja modal secara parsial berpengaruh positif dan signifikan terhadap efisiensi kinerja Direktorat Jenderal Bina Gizi dan Kesehatan Ibu dan Anak Kementerian Kesehatan RI. Namun kesenjangan realisasi anggaran belanja pegawai, belanja barang dan belanja modal secara parsial tidak berpengaruh signifikan terhadap efektifitas kinerja Direktorat Jenderal Bina Gizi dan Kesehatan Ibu dan Anak Kementerian Kesehatan RI.