Instansi pemerintahan yang mempunyai skala usaha yang berfokus pada bidang pelayanan harus dapat mengontrol dan memperhatikan kesejahteraan para tenaga kerja. Sistem penggajian pada instansi pemerintah sangat berbeda dengan sistem penggajian pada perusahaan-perusahaan pada umumnya yang cenderung komersial. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui bagaimana pengendalian internal atas sistem penggajian, mengetahui prosedur penggajian, serta menganalisis efektivitas pelaksanaan pengendalian internal atas sistem penggajian pada Badan Penelitian dan Pengembangan Pertahanan Kementrian Pertahanan. Gaji adalah suatu bentuk balas jasa yang diberikan oleh perusahaan secara teratur kepada seorang pegawai atas jasa dan hasil kerjanya. Data yang diperoleh menggunakan teknik observasi, wawancara, dan kuesioner. Teknik analisis data yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis deskriptif dengan pendekatan kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pengendalian internal atas sistem penggajian pada Badan Penelitian dan Pengembangan Pertahanan Kementrian Pertahanan sudah memadai. Berdasarkan kesimpulan, penulis menyarankan kelemahan pada kesalahan perhitungan gaji yang dikarenakan keterlambatan penyerahan data mutasi pegawai susulan harus dipercepat.


Kata kunci: Pengendalian Internal, Sistem, Penggajian