Cempaka Kuning (Michelia champaca L.) adalah tanaman yang diketahui memiliki khasiat sebagai antimikroba, antioksidan, dan antikanker. Secara umum kapang endofi t yang hidup di dalam jaringan tanaman dapat menghasilkan senyawa yang memiliki khasiat sama dengan tumbuhan inangnya. Penelitian ini bertujuan untuk menguji potensi antimikroba isolat kapang endofi t C.1.1 dan C.3.3 dari ranting cempaka kuning (Michelia champaca L.). Isolat yang telah didapat dari penelitian sebelumnya, diremajakan terlebih dahulu pada media PDA. Selanjutnya dilakukan fermentasi pada setiap isolat selama 12 hari. Supernatan hasil fermentasi diekstraksi secara partisi dengan pelarut n-heksan, etil asetat, dan n-butanol. Ekstrak kemudian dipekatkan dan diuji aktivitas antimikroba dengan kombinasi dua metode yaitu metode difusi cakram dan mikrodilusi. Ekstrak n-butanol isolat kapang endofi t ranting cempaka kuning mampu menghambat pertumbuhan mikroba dengan nilai diameter daerah hambat terbesar pada isolat C.1.1 terhadap Staphylococcus aureus ATCC 6538 (12.26 mm), Escherichia coli ATCC 8739 (11.40 mm), Candida albicans ATCC 10231 (10.50 mm), dan Metichillin- Resistant Staphylococcus aureus (11.30 mm) dengan Konsentrasi Hambat Minimum dan Konsentrasi Bunuh Minimum sebesar 12,5%. Disimpulkan bahwa kedua isolat kapang endofi t ranting cempaka kuning memiliki potensi dalam menghambat pertumbuhan mikroba patogen.