Diabetes melitus merupakan suatu kelompok penyakit metabolik dengan
karakteristik hiperglikemia yang terjadi karena kelainan sekresi insulin, kerja
insulin atau kedua-duanya. Penelitian sebelumnya dengan metode pengujian
aktivitas inhibisi DPP-4 secara in vitro telah dilakukan dan terbukti bahwa pada
tanaman daun teh putih (Camelia sinensis L.); daun yakon (Smallanthus
sonchifolius [Poepp&Endl.] H. Robinson); kulit buah delima (Punica granatum
L.) memiliki aktivitas penghambatan DPP-4. Namun belum diketahui senyawa
aktif yang berperan dalam aktivitas tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk
memperoleh senyawa aktif dalam tanaman tersebut untuk dipertimbangkan
sebagai kandidat senyawa obat. Metode penelitian menggunakan molecular
docking dengan aplikasi Molegro Virtual Docker, Chemdraw, Discovery Studio,
dan sejumlah webserver yang digunakan Pubchem, PDB, pkCSM dan
dilanjutkan molecular dynamics menggunakan aplikasi YASARA dynamics.
Kode reseptor yang digunakan dari PDB yaitu 3G0B. Aktivitas penghambatan
dibuktikan dengan nilai rerank score lebih negative yang dibandingkan dengan
senyawa pembanding (alogliptin). Hasil penelitian didapatkan dua puluh empat
senyawa memiliki nilai rerank score lebih negative dari senyawa pembanding.
Hasil visualisasi menunjukan residu asam amino yang paling berperan penting
ialah GLU 205, GLU 206, SER 630, TYR 631, TRP 629. Sebanyak tiga
kandidat senyawa uji yang memiliki nilai rerank score paling negative
selanjutnya diuji analisis molecular dynamics. Hasil molecular dynamics
menunjukan kompleks ligan uji EGCG-protein DPP-4 memiliki kestabilan
ikatan paling baik dan stabil dari ligan uji lainnya.