Antithrombin III merupakan serine proteinase inhibitors (serpin) yang tidak
terpisahkan dalam pengaturan proses koagulasi. Antithrombin III membutuhkan
aktivasi alosterik untuk berikatan dengan faktor protease IIa serin (trombin),
faktor IXa, dan faktor Xa yang menghambat proses pembekuan darah yang
terlibat dalam jalur kaskade koagulasi. Berbagai penelitian telah membuktikan
bahwa adanya tanaman yang memiliki aktivitas sebagai antikoagulan seperti
bawang putih (Allium sativum L.) dan daun alpukat (Persea americana Mill.),
namun belum diketahui senyawa aktif yang berperan dalam aktivitas tersebut.
Penelitian ini bertujuan untuk melakukan penambatan molekuler dari senyawa
dalam tanaman tersebut pada antithrombin III untuk dipertimbangkan sebagai
kandidat senyawa obat. Kode reseptor yang diperoleh dari PDB yaitu 1E05.
Metode yang digunakan adalah molecular docking dengan membandingkan hasil
dari kedua software yaitu PLANTS dan Molegro Virtual Docker serta digunakan
juga YASARA, MarvinSketch, dan VMD. Heparin digunakan sebagai
pembanding karena penggunaannya sebagai antikoagulan sudah teruji secara in
vitro dan in vivo. Pada software PLANTS diperoleh score docking heparin yaitu 67.2119
sedangkan
pada
Molegro
Virtual
Docker
diperoleh
score
docking
heparin

yaitu
-103.949.
Hasil
penelitian
didapatkan
sepuluh
(10)
senyawa
kandidat
obat

yang

aktif, senyawa tersebut antara lain: iso-rhamnetin-3-O-β-Dglukosida,
kaempferol-3-O-β-Dglukosida, N-(1-deoxy-d-fructos-1-yl) arginine, 1,2,4trihydroxynonadecane,

persin, persenones A, persenones B, avocadenofuran,
afzelin, dan Quercetin-3-O-arabinoglucoside. Kesepuluh kandidat senyawa obat
tersebut diduga memiliki aktifitas antikoagulan dikarenakan memiliki score
docking yang lebih negatif dibandingkan heparin.