Virus corona atau severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
(SARS-CoV-2) adalah virus yang menyerang sistem pernapasan. Beberapa
senyawa pada tanaman diketahui memiliki potensi sebagai obat virus corona.
Tujuan penelitian ini dilakukan skrining virtual yaitu docking terhadap 6
senyawa flavonoid yang berasal dari kulit jeruk manis (Citrus sinensis L.) untuk
mencari kandidat dan memodelkan interaksi senyawa pada reseptor yang
memiliki aktivitas Antivirus SARS-CoV-2. Software yang digunakan adalah
YASARA, MarvinSketch, PLANTS, dan PyMol. Langkah pertama dilakukan
validasi internal diperoleh Root Mean Square Deviation (RMSD) pada reseptor
Antivirus SARS-CoV-2 dengan kode 5R7Y (1,5721 Å). Proses docking
dilakukan terhadap native ligand, senyawa pembanding dan masing-masing
senyawa uji dengan reseptor SARS-CoV-2 yang sama, Senyawa pembanding
yang digunakan sebagai kontrol positif ialah Hidroksiklorokuin, Klorokuin,
Remdesivir, dan Ribavirin. Penelitian ini menghasilkan 6 senyawa aktif yang
menginhibisi reseptor 5R7Y yaitu Naringin, Didymin, Eriocitrin, Hesperidin,
Neohesperidin, Narirutin dan sisi aktif ikatan ligan pada reseptor 5R7Y adalah
ASP295 (Asam aspartat), GLN299 (Glutamin), ALA7 (Alanin), SER10 (Serin),
GLU14 (Asam glutamat), LYS5(Lisin), PHE8 (Fenilalanin), MET6 (Metionin),
ARG298 (Arginin), dan VAL125 (Valin). Disimpulkan bahwa ke-6 senyawa
aktif tersebut dapat menginhibisi reseptor 5R7Y karena skor docking yang
dihasilkan lebih negatif dari skor docking senyawa pembandingVirus corona atau severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
(SARS-CoV-2) adalah virus yang menyerang sistem pernapasan. Beberapa
senyawa pada tanaman diketahui memiliki potensi sebagai obat virus corona.
Tujuan penelitian ini dilakukan skrining virtual yaitu docking terhadap 6
senyawa flavonoid yang berasal dari kulit jeruk manis (Citrus sinensis L.) untuk
mencari kandidat dan memodelkan interaksi senyawa pada reseptor yang
memiliki aktivitas Antivirus SARS-CoV-2. Software yang digunakan adalah
YASARA, MarvinSketch, PLANTS, dan PyMol. Langkah pertama dilakukan
validasi internal diperoleh Root Mean Square Deviation (RMSD) pada reseptor
Antivirus SARS-CoV-2 dengan kode 5R7Y (1,5721 Å). Proses docking
dilakukan terhadap native ligand, senyawa pembanding dan masing-masing
senyawa uji dengan reseptor SARS-CoV-2 yang sama, Senyawa pembanding
yang digunakan sebagai kontrol positif ialah Hidroksiklorokuin, Klorokuin,
Remdesivir, dan Ribavirin. Penelitian ini menghasilkan 6 senyawa aktif yang
menginhibisi reseptor 5R7Y yaitu Naringin, Didymin, Eriocitrin, Hesperidin,
Neohesperidin, Narirutin dan sisi aktif ikatan ligan pada reseptor 5R7Y adalah
ASP295 (Asam aspartat), GLN299 (Glutamin), ALA7 (Alanin), SER10 (Serin),
GLU14 (Asam glutamat), LYS5(Lisin), PHE8 (Fenilalanin), MET6 (Metionin),
ARG298 (Arginin), dan VAL125 (Valin). Disimpulkan bahwa ke-6 senyawa
aktif tersebut dapat menginhibisi reseptor 5R7Y karena skor docking yang
dihasilkan lebih negatif dari skor docking senyawa pembanding