Kulit buah merupakan limbah organik yang apabila dikelola dengan baik dapat membantu mengurangi dampak negatifnya terhadap lingkungan. Limbah organik ini dapat difermentasi sehingga menghasilkan suatu cairan yang memiliki banyak fungsi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui aktivitas antimikroba larutan fermentasi dari kulit buah naga (Hylocereus polyrhizus) (F1), kulit pisang kapok (Musa paradisiaca L.) (F2), dan kombinasinya (F3) terhadap Staphylococcus aureus ATCC6538, Escherichia coli ATCC 9739 dan Candida albicans ATCC 10231. Pengujian larutan fermentasi meliputi skrining fitokimia, uji organoleptik, uji pH, uji kadar asam total, uji kadar fenol total, uji kadar glukosa, dan uji aktivitas antimikroba dengan metode difusi agar dan dilusi cair. Berdasarkan hasil uji organoleptik, fermentasi kulit buah memiliki warna coklat tua dan aroma fermentasi asam segar dengan pH 3,70-3,98 serta mengandung senyawa flavonoid, saponin dan tanin. Total kadar asam, glukosa total, dan fenol total tertinggi yaitu sebesar 0,74% (F1); 12,36 ppm (F2), dan 82,86 mgGAE/L (F1). Berdasarkan hasil penelitian uji aktivitas antimikroba bahwa eco enzyme memilki aktivitas antimikroba terhadap Staphylococcus aureus ATCC6538 dan Escherichia coli ATCC 9739 namun tidak terdapat aktivitas antimikroba terhadap Candida albicans ATCC 10231.