Diabetes melitus merupakan penyakit dengan ditandai kejadian hiperglikemia dan
gangguan metabolisme yang dikarenakan penurunan sekresi insulin. Mekanisme
terhadap diabetes terdiri dari beberapa target, salah satunya adalah penghambat enzim
dipeptidyl peptidase-4. Beberapa tanaman seperti daun salam (Syzygium polyanthum),
daun yakon (Smallanthus sonchifolius), dan kayu secang (Caesalpinia sappan L)
diketahui memiliki efek untuk menurunkan kadar gula darah. Penelitian in silico
dilakukan untuk memprediksi senyawa bioaktif yang ada di dalam ketiga tanaman
tersebut sebagai penghambat pada enzim DPP-4. Tahapan dari penelitian ini terdiri
dari molecular docking dengan software Molegro Virtual Docker, visualisasi dengan
BIOVIA Discovery Studio, prediksi ADMET dengan website pkCSM, dan simulasi
molecular dynamics dengan YASARA. Proses docking dilakukan terhadap 55
senyawa uji terhadap native ligand pada reseptor dengan kode 3G0B dan senyawa
pembanding. Terdapat 5 senyawa aktif yang diprediksi memiliki aktivitas sebagai
penghambat enzim DPP-4, yaitu 3,4-dicaffeoylquinic acid, nystose, isochlorogenic
acid C yang afinitasnya lebih baik dibandingkan pembanding alogliptin (-105.306
kkal/mol) dengan rentang rerank score -109.918 sampai -118.13 kkal/mol, sedangkan
untuk 1,3-O-dicaffeoylquinic acid dan isochlorogenic acid A diprediksi memiliki
afinitas yang lebih baik dibandingkan dengan pembanding sitagliptin (-91.9833
kkal/mol) dengan rentang rerank score -99.168 sampai -103.51 kkal/mol. Hanya tiga
senyawa yang akan dilakukan molekular dinamika. Hasil simulasi menunjukkan ada
kompleks ligan uji yang memiliki kestabilan ikatan dengan ligan reseptor. Senyawa
yang menunjukkan kestabilan ikatan tersebut adalah nystose.